Après six journées et une nouvelle défaite à domicile face à Angers, le club ne compte toujours aucune victoire de la saison. Le club se placera à la 9e place avant la trêve hivernal et terminera la saison à la 12e place, n’assurant son maintien dans l’élite qu’à deux journées de la fin. L’intersaison 2009 voit la nomination de Guy Lacombe au poste d’entraineur à la place de Ricardo. Gregorio Manzano succède à Quique Sánchez Flores au poste d’entraîneur de l’Atlético de Madrid. Giovanni Trapattoni prend le poste d’entraîneur du VfB Stuttgart. Après un peu plus de deux mois, Evgeny Smolentsev quitte son poste de directeur exécutif au terme de sa mission de restructuration. Le club espagnol est battu à la suite de deux matchs spectaculaires de la part de Ludovic Giuly et de Fernando Morientes notamment. Alors qu’il était sans club et qu’il s’entraînait à la Turbie depuis quelques semaines, l’ancien joueur du club, passé par Barcelone et le PSG, Ludovic Giuly signe un contrat de deux ans avec le club. Sous les commandes de Francesco Guidolin, l’équipe parvient à enchainer de bons résultats qui les propulsent à la trêve à seulement deux longueurs de la deuxième place.
Pour la première fois dans son histoire, le club n’est plus sous le contrôle de la Principauté. Le Celtic Glasgow gagne au Hampden Park de Glasgow la Coupe d’Écosse pour la 41e fois après s’être imposé face au Inverness CT sur le score de 3 buts à 1. Avec ce titre le Celtic FC réalise donc le triplé national (Championnat, Coupe nationale, Coupe de la Ligue dans la même saison). La même année, il est décisif lors des barrages qualificatifs à l’Euro 2004 face à la Norvège égalisant au match aller (victoire finale 2-1 de l’Espagne) et ouvrant le score au match retour à Oslo (victoire 3-0). Malgré tout, la phase finale ne se passera pas très bien pour la Roja, éliminée dès le premier tour, à l’image d’un Raúl arrivé très fatigué qui n’a pu empêcher l’élimination des siens. En huitième de finale, Monaco élimine le Lokomotiv Moscou, puis hérite du Real Madrid en quart de finale. Les deux représentants allemands, le FFC Francfort et le FFC Turbine Potsdam, sont éliminés tous deux en quart de finale respectivement par les Norvégiennes du Kolbotn Fotball et les Danoises du Brøndby IF. Monaco signe également deux joueurs ayant participé à l’Euro 2012 avec Jakob Poulsen international danois recruté pour deux millions d’euros et Emir Bajrami, maillot algerie 2026 international suédois prêté par le FC Twente.
53 clubs prennent part à la compétition et les nations ayant un bon coefficient UEFA ont le droit d’aligner deux clubs (le champion et le vice-champion). Elle est divisée en deux phases, une phase de groupes, qui consiste en huit mini-championnats de quatre équipes par groupe, les deux premiers poursuivant la compétition et le troisième étant repêché en seizièmes de finale de la Ligue Europa. Il se voit par la suite proposer par Ratomir Dujković d’intégrer le groupe du Ghana participant à la phase finale de la Coupe du monde de 2006, mais il décline la proposition, suivant ainsi les conseils du manager du Hertha Berlin, Dieter Hoeness lui indiquant de privilégier la sélection allemande. Invité par le CONMEBOL, Navas et le Costa Rica disputent la Copa América Centenario en 2016 où ils terminent troisièmes de leur groupe derrière les États-Unis et la Colombie. Après un excellent bilan lors de la préparation, le club démarre par une victoire 4-0 contre le Tours FC. Lacombe emmène le club princier en finale de la coupe de France (défaite face au PSG) et à une 8e place, soit le meilleur classement du club depuis quatre ans.
Le verdict tombe le 24 octobre 2006 : l’entraîneur est suspendu de ses fonctions pour être remplacé par son adjoint, Laurent Banide après une défaite en 8e de finale de la coupe de la ligue aux tirs au but. Malgré l’embauche de recrues italiennes telles que Marco Di Vaio ou Christian Vieri, Monaco finit à une 10e place peu reluisante et sombre en 16e de finale de la Coupe de l’UEFA face au FC Bâle. Mais l’osmose ne prendra pas et Didier Deschamps est sommé de démissionner après une quatrième défaite en sept rencontres de championnat et une piteuse 15e place à trois longueurs de la zone de relégation ainsi qu’une élimination prématurée au tour qualificatif de la Ligue des champions face au Betis Séville. Valence se classe 4e et se qualifie pour la Ligue des champions. Le club commence son parcours en Ligue des champions le 19 septembre au Camp Nou en battant le Spartak de Moscou (3-2, nouveau doublé de Messi) avant d’affronter Benfica et le Celtic FC en octobre. ↑ « PSG trio shortlisted for Ligue 1 player of year ».